Dans la ville scintillante de Paris, connue sous le nom de Ville Lumière, le jeune détective Léon se retrouve plongé dans un mystère époustouflant. Sur les toits argentés par la lumière de la lune et les pavés luisant sous les réverbères, quelque chose d'inexplicable attire son attention : des œuvres d'art disparaissent mystérieusement des galeries sans laisser de traces, comme si elles s'évanouissaient dans l'air. Aidé de son amie et camarade de classe, la perspicace Sophie, Léon débute une aventure palpitante à travers les ruelles étroites et les grands boulevards de la capitale. Le duo détermine vite que ces vols sont liés à une ancienne légende oubliée, celle de la pierre philosophale, censée transformer le métal en or et donner l'éternité. Il semblerait que les tableaux volés contiennent des indices laissés par un alchimiste du XVIIe siècle, un certain Nicolas Flamel, dont l'atelier aurait été situé dans le quartier mystérieux du Marais. Tandis que Léon et Sophie déchiffrent les énigmes, ils sont suivis par un inconnu élégant, toujours à distance. Ce personnage, que les enfants perçoivent à peine, semble connaître chaque secret de la ville et protège les jeunes aventuriers sans qu'ils ne s'en rendent compte. Leur enquête les mène du Louvre au cœur de Montmartre, où l'art et l'histoire se mêlent, jusqu'aux catacombes sombres et énigmatiques sous la ville, où résonnent les échos de l'histoire. À chaque découvertes, le puzzle devient plus clair et plus complexe à la fois. Finalement, Léon et Sophie dévoilent une cachette secrète sous la mythique Seine, où toutes les œuvres d'art sont intactes. Ils révèlent le coupable, une descendante de Flamel, artiste incomprise souhaitant protéger l'héritage de la Ville Lumière et relancer la quête alchimique de ses ancêtres. Avec adresse et sympathie, les jeunes détectives convainquent la voleuse de restituer les toiles, promettant de l'aider à réaliser son exposition sur l'alchimie et l'art. L'histoire se termine dans la gaieté d'une Paris résolument magique, où le mystère embellit chaque pierre. Léon et Sophie, fiers de leurs exploits, prennent conscience que chaque recoin de leur ville chérie renferme des secrets en attente d'être dévoilés.